Hallo 
vielleicht ist es ja auch nicht nur das übliche Markieren, vielleicht steckt da ja auch mehr dahinter... (das würde mit einer Kastration nicht besser werden)
Vielleicht markiert er ja so stark, weil er in dem Zweierrudel unbedingt die Oberhand behalten will, weil er gestresst ist, weil er seinen Kumpel unterbuttern will, weil er das Futter nicht gut verträgt (bestimmtes Frischfutter fördert den Harndrang, guck mal nach!) usw usw...
Kann es auch Angst sein? Ich kannte mal eine Ratte, die hat auch viel markiert, aber noch im normalen Rahmen. Aber sobald man sie hochgenommen hat ist sie "ausgelaufen" 
Markiert er dich auch, wenn du im Auslauf sitzt, und er über dich läuft?
Und wie sieht es aus, wenn er abgelenkt ist. Z.B. mit Maltpaste auf deinem Arm sitzt, oder freiwillig auf deinen Schoß gekrabbelt kommt.
Könnte es sein, dass er ständig den Drang hat, den Käfig neu zu markieren, weil er zu wenig nach ihm richt?
Wie oft reinigst du denn den Käfig? Markiert er weniger, je "dreckiger" der Käfig ist, also je mehr es nach Ratte riecht? (Zur Not mal ausprobieren, und wirklich nur den groben Dreck/Klos/Näpfe reinigen und sie ein/zwei Wochen ein wenig im Muff leben lassen. Schadet ihnen nicht, musst nur gucken, dass es dir nicht zu viel stinkt 
Die Frage ist auch: Wie reinigst du deinen Käfig? Mit Reiniger/Zitronensaft/Essig, sodass der Ratten-Geruch komplett weg geht, und auch die Ratte kaum was riecht. Machs lieber nur mit Wasser, so riechst du es nicht mehr, aber die Ratten erkennen ihr Revier einfacher wieder. Aber auch nur warmes, nicht heißes Wasser.
Eine zweite Tierarztmeinung kann manchmal auch viel bringen. Schließlich entdecken zwei Tierärzte mehr als einer
Vielleicht eine Nieren/Leber/Blasen-Erkrankung. Oder eine Lebensmittelunverträglichkeit? Eine Allergie oder vielleicht sogar Diabetis?
Als Ausweg, wenn das alles nichts hilft, würde ich vorschlagen, zu gucken, wie er sich in einem Rudel verhält. So wie du schreibst hast du sie ja nur zu zwei, das ist ja noch kein Rudel, das ist ja eine Art Zwangsehe Vielleicht legt sich diese übermäßige Markiererei, wenn er noch 1-2 weitere Rudelmitglieder hat. (Achte auf langsame Integration) Wenn du die Möglichkeit dazu hast, dann guck doch mal, ob in einem Tierheim/Notfallstelle deiner Nähe nicht noch weiter liebe Böckchen sitzten, die auf ein neues Zuhause warten
Und wenn alles nicht hilft: Klamotten wechseln und kurz abduschen, wenn du fertig mit Knuddeln bist.
(Du reinigst ja auch den Käfig, die Köttel bei Durchfall z.B. finde ich wesentlich ekliger als der fast wasserähnliche Urin.
Und nur wiel der kleine ständig ausläuft ihn seltener zu knuddeln, ist ja auch gemein. Er kann ja nichts dafür
Liebe Grüße
) wichtig ist natürlich,d ass sie nciht direkt an einer Straße stehen und ungespritzt sind!
und ist das einfach zu steril finde. Außerdem kann ich meine Tiere so kaum beobachten, ohne ständig die Türen auf zu machen, sondern nur die kleinen Klappen an der Seite. (Auch einen Gitterkäfig in einer recht dunklen Zimmerecke kann "gemütlich und dunkel" genug für Ratten sein)