Huhu! 
Du nervst hier garantiert niemanden! Im Gegenteil, wir sind alle heilfroh, dass du soviel fragst und Rat gerne annimmst! So ist garantiert, dass es den Ratten so gut wie möglich geht, und das ist ja eigentlich die Hauptsache... 
Also: Saubermachen kannst du im Prinzip eigentlich schon. Nur solltest du den Käfig nicht auseinander nehmen und auf keinen Fall das Nest putzen. Sonst kannst du auf jeden Fall die Pipi-Ecken saubermachen, wenn du noch keine richtigen Klos hast.
Alles, was um das Haus herum ist, darf ausgetauscht bzw. gesäubert werden, solange die Mama keinen Herzschlag beim Anblick eines Putzlappens bekommt... 
Wegen der zweiten Rattz: Ich würde fast sagen, wenn sie auch schwanger wäre, dann hättest du das bestimmt schon gesehen. Sie dürfte ja wohl um dieselbe Zeit gedeckt worden sein wie die Mama, später wohl eher nicht...
Ich würde einfach noch ein festes Haus reinstellen und ihr Möglichkeiten zum Bauen geben. Ratten bauen sich ja auch ohne Babys Nester wie die Weltmeister. 
Allerdings kann es sein, dass die Mama dann mit ihren Babys umzieht, weil ihr das neue Haus besser gefällt. Sollte das passieren, musst du nur drauf achten, dass sie alle Babys mitgenommen hat und keins irgendwo verloren ging.
Falls die 2. Rattz auch schwanger ist, kann es durchaus sein, dass sie ihre Babys mit zu den Anderen packt. Je mehr Babys auf einen Haufen, desto wärmer und kuscheliger ist es für die Babys, und die Mütter müssen nur auf einen Haufen aufpassen.
Bei Mäusemamas mit mehreren Würfen in einem Käfig habe ich aber festgestellt, dass teilweise Babys gefressen werden, weil es zuviele für zuwenig Futter und Platz waren.
Aber ich glaube, das dürfte bei dir eigentlich nicht der Fall sein; außerdem glaube ich wirklich nicht, dass die 2. Ratte auch schwanger ist, wenn du bisher noch nichts sehen kannst.
Machst du mal Fotos von dem Käfig und stellst die hier rein? Ich glaube, das würde viele von uns interessieren!
Und später, wenn die Babys dann größer sind,kannst du die auch gerne hier präsentieren!

Achso: wegen dem Rausnehmen: versuche, der Mama bis dahin beizubringen, dass von deiner Hand immer etwas Gutes kommt! Das heißt, sie bekommt immer etwas leckeres (Joghurt, ein Stück Obst usw.), wenn sie mit deiner Hand in Berührung kommt bzw. wenn du deine Hand in den Käfig hälst.
Ratten lernen so etwas sehr schnell, und wenn sie nun schon etwas netter ist als vor 4 Tagen, glaube ich schon, dass du mit ihr schnell warm wirst. 
Für die ersten Male, wo du die Babys anfasst, würde ich die Mama aber wegsperren. Ist ja nur für wenige Minuten; du könntest ihr z. B. eine Schale mit Joghurt in eine Box stellen, dann wird sie sicher die Babys und dich für ein paar Minuten vergessen... 
Grüßlein!