Hallo Caro,
Jeder hat mal angefangen. 
Und ich denke auch, Fehler gehören immer dazu. Erstmal solltest du wirklich noch eine 3. Ratte dazu holen. Solange sie noch jung sind, vllt auch einen dritten jungen Bock. Ein etwas gröberer Umgang untereinander kann vorkommen. Ebenfalls auch, dass gequiekt wird, trenn sie allerdings nicht übereilig. Solange es keine Verletzungen gibt, würde ich erstmal weiter beobachten.
Dass du es langsam angehst, ist ja schön. Aber du darfst deine Ratten ruhig fordern. Sie gewöhnen sich schnell ein, sind von Grund auf sehr neugierige Tiere und du solltest ihnen möglichst von Anfang an deine Präsenz zeigen. Klingt blöd, aber ich hab meinen scheueren Jungtieren am Anfang immer vorgelesen. Bei den mutigeren bin ich schon von Anfang an sehr aktiv gewesen. Finger schnuppern, Leckerlis, Versuche schon mal vorsichtig zu streicheln. Wenn ich merke, dass sie keinen Herzinfarkt bekommen, hole ich sie auch einfach mal raus, setze mich mit einer Decke hin und zeige ihnen, dass nichts passiert. Wenn du erstmal eine für dich gewonnen hast, wird es leichter. Bei mir lernen die Jungen mittlerweile von den Alten, dass es eigentlich ganz cool ist, seinen Menschen zu schmusen und den Auslauf zu genießen.
Wegen dem Käfig kann man natürlich nichts sagen, wenn man nichts weiß. Aber in der Rubrik Käfige findest du hier alle Infos für artgerechte Käfige und auch nen Haufen Tipps zum Einrichten. Vllt werden deine Jungs auch ruhiger, wenn sie ihren nötigen Abstand zueinander bekommen können und im Käfig mehr Beschäftigung haben? Schau doch mal auf eBay Kleinanzeigen, da gibt's oft gute, gebrauchte Käfige. 
Liebe Grüße,
Kati